корабль совсем новый, а уже ржавый

БДК красили летом прошлого года, потом дважды обматывали кабелями во время размагничивания, потом загружали в него боевую технику во время испытаний, поэтому появление подтёков ржавчины на его бортах обычное дело.

Перед сдачей корабля флоту на заводе его ещё раз полностью покрасят, а дальше этим предстоит заниматься экипажу корабля.

почему у нас все корабли, и гражданские и военные выглядят помятыми?

Я был на всех военно-морских салонах в Санкт-Петербурге, куда в разные годы приходили боевые корабли разных стран, и могу сказать — практически все корабли имеют неровности на бортах. Просто в зависимости от условий освещённости иногда это видно, а иногда нет.

Вот для примера французский корвет «L`Adroit».

На этой фотографии на корпусе видны сварные швы, зато надстройка кажется ровной:

Но вот свет падает под другим углом, и где эта ровность?    

Ещё один пример — корвет «Heybeliada» ВМС Турции.

На этой фотографии надстройка корабля кажется абсолютно ровной:

А на этой?    

Причём по мере эксплуатации корабля к неровностям технологического характера начинают добавляться вмятины от ударов волн и неудачных швартовок.