Все магазины, работающие в Краснодаре, платят все налоги в Краснодаре, естественно.

Ни копейки от них в бюджет Москвы не идет.

Бюджет Москвы: http://budget.mos.ru/project_income 

Доходы: 1,4 трлн руб всего, из них

подоходный налог - 591 млрд
налог на прибыль - 569
прочие налоги - 218
арендные платежи - 65
продажа имущества - 16

Таким образом, доходы в бюджет от РАБОТАЮЩИХ В МОСКВЕ граждан - выше доходов от прибыли

десятков крупнейших московских заводов, тысяч и тысяч магазинов и ресторанов, банков и автоколонн, развлекательных центров и предприятий связи, платных образовательных и лечебных учреждений...

Это данные на 2013 г - в той же ссылке дано и за предыдущие годы, цифры меньше - суть та же.

Ну или рассмотрим X5 Retail Group, раз предложено, без проблем.

Компания вообще зарегистрирована в Нидерландах - но налогов в Нидерландах не платит, ибо деловой активности здесь не ведет, а налогами облагаются итоги деловой активности по месту ее, активности.

Активность компания ведет в России - и платит налоги в России.

В ее, X5 Retail Group, составе - масса юридических лиц, зарегистрированных по всей России.

Берем, скажем, обычный Липецк.

В 2007 г X5 купила липецкую торговую сеть Корзиночка - супермаркеты и один гипермаркет. Теперь супермаркеты стали Пятерочками, а гипермаркет - Меркадо суперцентром.

Отметим, что ЮРИДИЧЕСКИЙ ВЛАДЕЛЕЦ сети НЕ ИЗМЕНИЛСЯ - им так и осталось то же ООО Южный, ЗАРЕГИСТРИРОВАННОЕ В ЛИПЕЦКЕ. Просто теперь этим ЛИПЕЦКИМ ООО Южный владеет X5.

Налоги:

Подоходный налог - в сети работают тысячи людей, платят подоходный налог. Весь он целиком и полностью идет в бюджет субъекта, где получена зарплата - то есть в бюджет ЛИПЕЦКОЙ области.

НДС - он полностью идет в общий ФЕДЕРАЛЬНЫЙ бюджет.

Налог на прибыль - если липецкое ООО Южный имеет прибыль (вся в целом X5 убыточна) - то Южный платит налог на прибыль. 10% ее идет в бюджет Липецкой области, 90% - в общий федеральный бюджет.

Таким образом, АБСОЛЮТНО ПО БАРАБАНУ, что X5 зарегистрирована в Нидерландах.