Интересно как это легче может быть отделить плутоний-239 от
уран-238, чем уран 235 от уран-238. Самые эффективные методы
разделения ныне работают на разнице в атомной массе элементов.

Еще раз повторюсь что разделение двух различных химических элементов это химическая реакция, т.е. мы связываем один компонент с одним реактивом, а другой с другим и тем самым разделяем их. Т.е. уран и плутоний имеют разные химические свойства, разную валентность и поэтому по разному соединяются с разными хим. реактивами. Это значительно проще чем прибегать к разделению центрифугами, тем более как вы правильно заметили разница в атомных массах урана-238 и плутония-239 слишком мала чтоб можно было корректно их разделить на центрифугах.
Подробнее о применяемых методах химического разделения
 http://ru.wikipedia.org/w...юрекс-процесс 
 http://profbeckman.narod.ru/RH0.files/26_6.pdf 

Поэтому для
наработки плутония (для производства оружейного плутония)
существуют специальные реакторы.

Они существовали потому что:
1) они создавались тогда, когда вообще атомной энергетики не существовало в принципе
2) на них получить плутоний хоть и дороже, но быстрее
3) чистота плутония намного выше, ибо количество плутония с атомарной массой выше 239 минимально - самый главный фактор, почему не достают плутоний из тепловых реакторов для оружейных целей.