1) Столько сборок потому что такова идеология, любой желающий может взять и запилить свой дистрибутив, потому и пилят, другое дело, что сильных дистрибутивов, на которых базируется множество других не так много. Достаточно ориентироваться на Debian и Red Hat (Fedora), чтобы твой софт работал нормально практически на всех дистрибутивах. Хотя безусловно, подобная сильная фрагментация мешает стандартизации и развитию. Но она же и помогает развитию, новые идеи легко воплотить в жизнь, а выживают сильнейшие дистрибутивы.

2) Отечественная сборка отличается, главным образом (как по мне), только наличием сертификатов для работы в гос. секторе. Также, иногда разработчики дистрибутива пишут свой софт. Кроме того с российскими разработчиками проще обсудить проблемы ОС, я хоть и регулярно и давно пишу отчеты на багтрекеры, но такой обратной связи как в Роса я не получал ранее, когда буквально за несколько дней были внесены мелкие исправления в пакет с интересующей меня программой. Но сам сейчас тоже сижу на Минте по 2-м причинам: качество дистрибутива и пакетная система, привык к Дебиан-подобным.

3) Новый биос, я так понимаю речь про UEFI, уже давно в ходу, я поначалу сторонился и везде использовал Legacy и CSM, но уже пару лет как перешел на него полностью, т.к. загрузка без режима совместимости быстрее. Что касается установки 2-х ОС рядом, то это как не было проблемой, так и сейчас её нет, стало даже проще без загрузчика в MBR. GPT удобна не только тем, что поддерживает большие тома, но и тем, что не надо париться с расширенными разделами, пили сколько душе угодно.

А по установке Windows и Linux рядом нужно всего навсего создать EFI раздел, про это уже куча инструкций давно. Более того, можно пойти проще, нажать кнопочку «автоматически поставить рядом», а не заниматься разметкой самому, если не знаешь как, разработчики дистрибутивов уже позаботились обо всем.

Винду для тяжелого ПО без проблем можно держать в виртуалке, потери производительности минимальны, при условии, что на ПК включена поддержка аппаратной виртуализации. Для максимального эффекта можно KVM использовать и поставить винду на LVM-том — снижение производительсности будет близко к нулевому. Разве что, если используется видеокарта для вычислений, тут ничего сказать не могу, не пробовал, но насколько знаю уже и это не проблема.

4) «Реально отечественная ось» не нужна и ничего годного из этого не выйдет. Особенно в части софта. На это нужны годы и десятилетия. Весь мир использует и улучшает свободное ПО, либо разрабатывает свое на его базе. Заново придумывать круглое колесо, когда уже весь мир летает на реактивных самолетах нет никакого смысла, более того это пустая трата времени и ресурсов. Что касается безопасности с этим нет никаких проблем. В тех областях, где это нужно пишется свой софт на основе базовых компонентов, код которых проверен ранее.