Не выдумывайте

Законодательство изучите для начала. Организация пригородных пассажирских перевозок, равно как и формирование заказа на эти самые перевозки — лежит на плечах региональных властей.

Воронеж в части ЧМ пролетел как фанера над Парижем

За это скажите «спасибо» вашим областным властям. Сами же видите, что в других регионах (не считая Москвы и Петербурга) смогли сделать.

Хотя соответствующее постановление правительства есть.

Постановление правительства, в данном случае, лишь протокол о намерениях. Ибо частный ТрансМашХолдинг построит ровно то, что или уже заказали и оплатили, или точно закажут и оплатят.

такую же модификацию для ЭП3Д не сделали

Если производитель увидит интерес к такой версии у заказчика — он сделает моторную голову под переменку. Благо опыт в создании 2-вагонного МВПС переменного тока у производителя есть — это ЭДС1Р.

2-вагонка ЭП3Д — это 1 обычная голова + 1 моторная голова

3-вагонка ЭП3Д — это 1 обычная голова + моторный прицепной вагон + 1 моторная голова.

Регионам нужны «короткие» ЭП3Д

Ну так пусть региональные власти начнут чесаться по этому вопросу и пинать собственников подвижного состава. РЖД ведь не занимается пригородными перевозками (ибо федеральное законодательство запрещает это делать), а только сдаёт подвижной состав в аренду. Вот и покупают ЭП3Д в те регионы, где подвижной состав пора менять, и где местные (региональные) власти договариваются о том, чтобы подвижной состав был посвежее.

Поезда для СКЖД и ПВЖД закупались централизовано через РЖД

Ибо РЖД — собственник конкретно этих поездов. И именно РЖД решает, куда пойдут закупаемые самим же РЖД новые составы (ибо далеко не всегда новьё идёт именно туда, где были списаны отработавшие своё машины). То есть, с РЖД явно договорились о том, что к чемпионату мира по футболу именно в Ростов и Волгоград будут поставлены новые ЭП3Д (хотя то же РЖД запросто могло пригнать и ЭД9Э поздних выпусков).

Как могло повлиять правительство Воронежской области на РЖД я ума не приложу.

Вариант 1 — начать договариваться с РЖД, ибо РЖД владеет парком МВПС в разных регионах страны и, когда у РЖД есть желание, вполне себе перемещает составы с одной дороги на другую. Просто пример: списывают старую ЭР9 в одном регионе — вместо неё не с завода новый состав поступает, а передают менее старую ЭД9М из другого региона, а в этот самый другой регион поступает ЭП3Д.

Вариант 2 — региональные власти ставят условие — будет заказывать новые пригородные ж/д перевозки, но хотим только свежие составы. Ещё эффективнее такие условия выдвигать, если у региональных властей есть блок-пакет акций перевозчика — тогда уже приходится договариваться (ибо у РЖД есть доля во всех пригородных перевозчиках кроме ЦППК).

в одном, максимум пяти регионах

Если в этих регионах местные власти не сидят на попе ровно, а крутятся и получают из федерального центра деньги — то какие претензии к тем, кто умеет работать?

Чем валить с больной головы на здоровую, лучше задайтесь вопросом: почему власти вашего региона ничего не делают. Федеральный центр даёт денег под конкретные проекты, имеющие обоснование. Так почему ваши региональные власти ничего не делают, чтобы и в вашем регионе стало лучше?