в чем причина отставания?

Видимо в том, что ликвидировать отставание начали в 2005-2008 годах. Вы всего и сразу хотите?

"АМЕРИКАНСКИЕ, ХОТЬ И СДЕЛАНЫ В КНР" - это звучит нормально? а то , что компьютер российский, хоть и сделан из импортных комплектующих - то сразу срач?

Собрать высокопроизводительный компьютер (или даже кластер) особой проблемы не представляет

Бред.

Это как собирать заморские автомобили у себя и при этом называть себя ведущим автопроизводителем

Смешно. Это, как сравнивать что-то с пальцем.

но такие программы как математические пакеты, 3D Рендеринг, СУБД, средства разработки и другие сложные пакеты

И какие импортные пакеты из вышеперечисленного стоят на большинстве наших суперкомпьютеров?

меня терзает вопрос по этому поводу - в чем причина отставания?

Вопрос терзает по причине незнания отечественной истории, а также показного профанства в программном обеспечении.

3D рендеринг это вы зря. Есть такие пакеты. Если вы о CAD, то это Компас-График. Если вы о моделировании на суперкомпьютерах трехмерных моделей, то там всегда отечественное ПО, но специализированное (специально написанное) для каждого суперкомпьютера. По этому на отечественных суперкомпьютерах подавляющее большинство именно отечественных программ. Почитайте проекты Росатома, они специально для каждого суперкомпа пишут софт.

2. Большинство комплектующих - американские (хоть и сделаны в КНР, но особо это ничего не меняет). Это как собирать заморские автомобили у себя и при этом называть себя ведущим автопроизводителем.

Технологии - США производство - Китай деньги на покупку -Российских налогоплательщиков   чем гордимся то, а? что тут конкретно сделано у нас? проложено 120 километров шлейфов и кабелей?

Я работаю в группе компаний СвЭл (трансформаторостроение). Компания основана в 2003г. С чего начинали: покупали итальянские сухие трансформаторы, навешивали на них отводы (шины) и защитный кожух - всё, трансформатор готов на продажу. Это что касается Вашего комментария. Прошло 9 лет и теперь на СвЭл полный цикл собственного производства (расчёт под заданные характеристики, изготовление и испытания), с 2008 расчёт и производство масляных трансформаторов и распределительных устройств, с 2010 производство измерительных трансформаторов и металлоконструкций. Т.е. было простейшее сборочное производство, а потом появились конструкторские и технологические отделы, полный цикл производства, испытательная станция, представительства по всей России и в СНГ. Стало: Технологии - Россия Производство - Россия Чуете к чему я? Работа ведётся, кадры готовятся, растёт опыт, совершенствуются технологии, ведутся исследования...

1. Собрать кластер, действительно, проблемы не представляет. А вот сделать его производительным - уже искусство. Если тупо соединять вычислительные блоки, то очень быстро (блоку где-то к 20) рост производительности прекратится, а потом вообще будет падать. 2. Отсюда и следует, что в суперкомпьютерах главное - не процессоры и остальные болтики, а внутренняя архитектура. Так что комплектующие могут быть откуда угодно, но в мире суперкомпьютер сделать могут всего 5 стран. 3. У меня сложилось субъективное мнение, что ВСЕ математические пакеты пишутся русскими. 3D Rendering вообще не является сложной задачей. А на рынке СУБД Компас, T-Flex и ADEM достойно противостоят SolidWorks и Inventor (извините за каламбур, но Autodesk сама назвала свою систему "оккупантом"     ).

Собрать высокопроизводительный компьютер

Смотря какого уровня. Если мы говорим о системах выше среднего, то мало кто в мире сможет с умом разработать и создать правильный суперкомп, т.е. такой, который бы максимально отвечал бы требованиям заказчика. Это штучный товар и делается под конкретного заказчика и под конкретные задачи. От этого много чего может измениться и далеко не каждый с этой задачей справится.