В Министерстве обороны России заявили, что на момент вхождения Крыма в состав России комплекс пребывал в плачевном состоянии — из всех сооружений в рабочем состоянии была лишь одна антенна для будущего управления украинским космическим аппаратом «Лыбидь», запуск которого по сей день не состоялся. За время украинской эксплуатации НЦУИКС не нашёл для него применения и уникальные площадки комплекса были разграблены. В штабе войск ВКО заявили, что практически сразу приступили к оснащению объекта новыми командно-измерительными системами управления космическими аппаратами и комплексами системы контроля космического пространства. Поскольку сами антенные системы практически не стареют, то, заменив устаревшую и вышедшею из строя приёмо-передающую аппаратуру на современную, можно получить новый инструмент.

Стал частью Главного испытательного центра им. Германа Титова.

Центр проходит модернизацию, Минобороны России утверждена программа по развитию комплекса до 2020 года. По ней заложены средства по модернизации, наращиванию новой техники и обучению личного состава.

Весной 2017 года было объявлено, что 40-й ОКИК за 3 года модернизации получил 10 современных комплексов взамен устаревшего советского оборудования. Центр стал частью российской системы «ГЛОНАСС». Подключение к ней новейшего оборудования ЦДКС позволило улучшить точность определения местоположения на карте на 30%.

Центр дальней космической связи был оборудован новейшей российской командно-измерительной системой «Фазан МТС», имеющей радиус действия от 100 до 40 000 км. Данная система решает задачи по управлению всей орбитальной группировкой России.