Все дело в том, что «Сапсан» удобнее самолёта. Едет 4 часа, уезжает из центра города и прибывает в центр города. На посадку можно приезжать хоть за 5 минут до отправления. А с самолётом всё сложнее — надо за 1.5-2 часа приезжать в аэропорт на окраине города, тратиться дополнительно на аэроэкспресс или такси, ограничения по ручной клади и т. д.

Именно. Это ключевое. Потому как и в Москве и в Питере от и до аэропорта надо еще добрать, а это от 500 до 1500 рублей в одну сторону, т. е. умножить на два и сразу плюсуем к самому дешевому билету на самолет, вот и выйдет поездка дороже, чем на сапсане. Кроме того, действительно это просто удобно из центра в центр, потому даже с разнице в 1-2 т.р. удобнее ехать поездом. Плюс вещи с собой.