Система молниезащиты и заземления на космодроме Восточный уникальна. Ее разрабатывали с учетом климатических условий Амурской области: было просчитано количество грозовых дней в году и ударов молнии, приходящихся на квадратный километр. Практически вся система состоит из отдельно стоящих молниеотводов. Именно такое расположение обеспечивает первую категорию защиты стартовой позиции и комплекса заправки. Надежность дают высота конструкций и расстояние между ними.

На данный момент завершены работы на одиннадцати молниеотводах, расположенных на стартовом комплексе. Специалисты Дальспецстроя установили восемь молниеотводов высотой 50 метров и три — высотой 18 метров. Помимо этого выполнено устройство фундаментов для двух 150-метровых молниеотводов. Для высотных конструкций устройству фундамента уделяется особое внимание. Так, при в фундаменты молниеотводов стартового комплекса уложено около 450 кубометров высококачественной бетонной смеси.

Конструкция молниеотводов имеет решетчатую пирамидальную форму и состоит из нескольких скрепленных между собой металлических секций. Все составные части (весом почти 500 тонн) были доставлены на строительную площадку в виде фрагментов, а затем устанавливались на подготовленный железобетонный фундамент бригадой монтажников с использованием строительной техники.