Дело в том, как получать топливо. Водород для ракет пока сейчас получают не электролизом воды, а бульбуляцией угля. Для машин водород планируют получать электролизом воды, переводя какой-то вид энергии через электричество в химическую - получать метан, или ацетилен в этом случае куда сложнее. С другой стороны, если появятся батареи с плотностью запасаемой энгергии, равной плотности энергии, запасаемой в дизельном топливе, и при этом относительно дешёвые (и безопасные), то, видимо, и смысла переходить на водород нет. Однако, если получать биотопливо или перегонять ископаемое топливо (или мусор, торф или кизяк), то здесь лучше использовать метан, как конечный продукт.