Какой суд, о чем Вы говорите, это же бюджетная программа!

Это, с момента подписания комиссией протокола с результатами конкурса, который по минимум одному экземпляру рассылается всем участникам конкурса, финансовый документ.
Неисполнение подобных документов сегодня, как правило, разбирается в арбитражном суде, за исключением редчайших случаев. И как правило решение арбитражного суда в таких делах однозначно. Судя по отсутствию обращения в суд, в вашем случае дело в другом.

Выплатили гораздо меньше, причем суть проста - сколько денег
хватило столько и выплатили.

В последнее время никто из субъектов РФ не объявлял дефолта или банкротства. Значит, не деньги в бюджете кончились, а программа, в которой вы участвовали, была закрыта. Как я знаю, лень спрашивать юриста, для закрытия таких программ требуется решение законодательного органа. Есть такое решение?