Прямоточники и ПуВРД рассчитаны на разные скорости потока - смысла совмещать их нет. "Оптимизаторы... к числам рейнольдса" - это вы круто. Сами хоть поняли, что сказали? Особенно улыбнуло "...Осталось взять CFD симулятор или самим написать, если нефиг делать." У нас на кафедре в начале 2000-х, когда пошли вменяемой мощности компы, написали один такой, использовался там, вроде бы, метод "крупных частиц" Белоцерковского. Ну да, двумерные задачки хорошо считались, но потратили они на это 2 года. А полностью смоделировать целиком работу движка - это даже с помощью готовых пакетов не так просто. Это, конечно, не кандидатская, но от себя очень много писать придётся.