Лого Сделано у нас
80

1500 лабораторий мира скачали алгоритм поиска генов в ДНК, созданный в МФТИ

Группа ученых из Германии, Америки и России, при участии заведующего кафедрой Московского физико-технического института (МФТИ) Марка Бородовского, предложила алгоритм, который автоматизирует и делает более эффективным поиск генов. Разработка соединяет в себе преимущества наиболее продвинутых инструментов для работы с геномными данными. Предложенный метод позволит точнее и быстрее анализировать новые последовательности ДНК и находить полный набор генов в геноме.

Статья, описывающая алгоритм, была недавно опубликована на страницах журнала Bioinformatics издаваемого Oxford Journals. При этом саму компьютерную программу уже скачали более 1500 различных центров и лабораторий по всему миру. Тестирование алгоритма показывает его существенно более высокую точность по сравнению с другими программами.

Одной из важных задач смежных с современной биологией наук является аннотация генома — определение того, с каких именно участков молекулы ДНК — генов — синтезируются РНК и белки. Выявление генных участков происходит на основе поиска сходства фрагментов последовательности с уже известными генами или путем обнаружения характерных для генов закономерностей чередования нуклеотидов. Этот процесс осуществляется с помощью предсказательных алгоритмов.

Найти генныe участки — нетривиальная задача, особенно в эукариотических организмах, к которым относятся практически все широко известные виды, кроме бактерий. Это происходит из-за того, что у таких клеток передача наследственной информация усложнена наличием «разрывов» в кодирующих областях (интронов) и отсутствием однозначных признаков для определения того, является  ли область кодирующей или нет.

Алгоритм, предложенный учеными, определяет, какие области в ДНК являются генами, а какие — нет. Для этого можно использовать марковскую цепь (последовательность случайных событий, будущее которых зависимо от прошлого), обучаемую на уже известных генах. Состояниями цепи в данном случае являются либо нуклеотиды, либо нуклеотидные «слова». Алгоритм, названный учеными BRAKER1, определяет наиболее вероятное разбиение генома на кодирующие и некодирующие области. Тестирование алгоритма показывает его существенно более высокую точность по сравнению с другими алгоритмами, сообщает пресс-служба МФТИ.

Подобные инструменты помогают решать множество различных задач, говорится в сообщении. Например, уже опубликованы первые результаты глобального проекта «1000 человеческих геномов», запущенного в 2008 году при содействии 75 лабораторий и компаний. В результате было обнаружено последовательностей редких генных вариантов — замен в генах, некоторые из которых приводят к болезням. В проекте расшифровываются геномы различных людей, особенно кодирующие их части и выявляются редкие замены нуклеотидов. В будущем это поможет медикам диагностировать такие сложные заболевания, как болезни сердца, диабет и рак.

Читайте также...

Вступайте в наши группы и добавляйте нас в друзья :)

Подпишитесь на наш канал в Яндекс.Дзен и сделайте вашу ленту объективнее!
  • 1
    Нет аватара Инженер2015
    14.01.1600:06:41

    Хоть бы деньги за лицензию требовали…зарплаты ученым кто платить будет? Государство?

    Заробатывать на науке нужно, а не дарить всем алгоритмы

  • 1
    Николай Ерёмин Николай Ерёмин
    14.01.1600:57:44

    С каких это пор МФТИ стал имени Бородовского? Кто-то перетягивает но"ски".

  • 2
    Нет аватара Лехастик
    14.01.1608:56:21

    Статья, описывающая алгоритм, была недавно опубликована на страницах журнала Bioinformatics издаваемого Oxford Journals.

    Ну и при чём тут «сделано у нас»? «У нас» — это у кого?

    Mark Borodovsky — Regents' Professor of Georgia Institute of Technology, Atlanta, USA. У него в МФТИ даже емейл указан на gatech.edu, а «информация об учёном» в МФТИ — это ссылка на Department of Biomedical Engineering того же заведения.

    Статья опубликована за рубежом в иностранном журнале, МФТИ тут не при чём.

    Фактически это реклама американского преподавателя и американского достижения.

  • 0
    Нет аватара hal0peridolum
    14.02.1604:48:16

    редактор опять не читал публикацию. «группа ученых» ничего не создавала, они объединили два существующих инструмента в pipeline. то есть, автоматизировали применение двух инструментов и упростили процесс.

Написать комментарий
Отмена
Для комментирования вам необходимо зарегистрироваться и войти на сайт,