Но настоящие проблемы начались, когда в соответствии с решением Верховного Совета СССР (Закон СССР «О всеобщей воинской обязанности» от 10.04.1989 г.) по освобождению от воинской службы бывших студентов, практически все высокоподготовленные младшие флотские специалисты срочной службы были уволены в запас. Это отразилось на общей подготовленности и компетентности экипажа корабля. Летом 1990 года на «Урале» случился пожар, в котором был выведена из строя кормовая машина: в результате пожара выгорели электрические кабели, идущие от кормового котла. Больше года энергообеспечённость корабля обеспечивала одна только носовая машина, но осенью 1991 года сгорела и она. После этого несколько месяцев всю энергию кораблю давали аварийные дизель-генераторы. Денег на ремонт в распадающейся стране не было. В результате, уникальный корабль, аналогов которому не было в мире, стал использоваться просто как общежитие для младшего офицерского состава. В различных источниках встречается информация, что "Урал” всё же нёс боевое дежурство, несмотря на поломки корабль успешно контролировал северную часть Тихого океана, перехватывая радиообмен в сетях ВМС, ВВС и ПЛО США и Японии. В 2001 году сходивший всего лишь в один боевой поход корабль окончательно списали и поставили на прикол к отдалённому пирсу.