Память намного более регулярная структура. Одну и ту же картинку размножить много раз. Топологические нормы очень просты. Кроме того, в память часто закладывают избыточность, так что если некоторое (малое) количество ячеек будет битой, память справится. Ежели мы говорим о серьезном соке, там мрак и ужас, особенно если стараться    . Вариантов расположения металлов по-над транзисторами, самих транзисторов - море. Ну и начинается веселье. Так что обычно сначала делают на процессе память и регулярные структуры, вроде фпга, потом уже начинается более сложная логика. Что такое многослойная архитектура не понял. Если вы говорите о том, что есть несколько слоев металла - дык само собой. Не помню, сколько на 90нм Микрона, боюсь соврать, но не меньше четырех. Если говорите о т.н. SiP (system in package), то тут паяй из чего хошь - вниз 22нм сверху 500нм, главное аккуратно посчитать, как вместе будут работать компоненты.