В октябре 2009 года генеральный директор «Атомфлота» Вячеслав Рукша заявил, что «лихтеровоз Атомфлота „Севморпуть“ стоит без работы, и если такая ситуация сохранится и в 2010 году, то придется сдать его „на иголки“. А мог бы прослужить ещё лет 15».

Официальная страница морского регистра содержит запись «Исключено из регистровой книги судов с 02.08.2012».

В соответствии с приказом Госкорпорации «Росатом» от 24 октября 2012 года ядерную установку должны были вывести в режим окончательного останова. По состоянию на июнь 2013 года работы по выводу лихтеровоза из эксплуатации были практически завершены; в частности ядерная установка была окончательно остановлена.

В конце декабря 2013 года генеральный директор Росатома С. В. Кириенко подписал приказ о восстановлении атомного лихтеровоза-контейнеровоза «Севморпуть». Планируется выполнить работы по продлению ресурса ядерной установки, закупить и загрузить комплект ядерного топлива. Ввод судна в строй ожидается 1 марта 2016 года, после восстановления «Севморпуть» займется обеспечением Северного завоза, освоением шельфа и разработкой Павловского месторождения свинцово-цинковых руд на Новой Земле.