1.1. системы EDI и внутрикорпоративный документооборот - это не совсем одно и то же. EDI в большинстве своем как раз на линуксах и живут (узлы обмена).
1.2. Российская Федерация не должна заниматься разработкой ПО для всех и каждого. Все, что она должна - разрабатывать стандарты и правила там, где они нужны, остальное - дело самих предприятий. ПО - только для использования в областях, где не могут работать коммерческие предприятия - гостайна, оборона.
2. это не сканер штрихкода, а промышленный смартфон. фактически - ТСД с функцией телефона. если бы его делали на чистом линуксе, то возникло бы несколько проблем:
во-первых - да, нужны титанические усилия, нужно писать кучу драйверов, нужно писать интерфейс, нужно еще много что писать
во-вторых - вытекает из первого - это сильно удорожает разработку и стоимость конечного изделия, которое не единственное такое во всем мире, промышленные смартфоны вполне себе выпускаются, и с ними нужно было конкурировать.
в третьих - кто потом под него будет приложения писать и во сколько обойдется их написание?

как я тут уже писал - каждому инструменту должно быть его применение