В первом полугодии 2015 года ГПБУ «Мосэкомониторинг» зафиксировало значительное снижение содержания сероводорода и оксида серы в атмосфере санитарно-защитной зоны Московского НПЗ, а также районов Люблино и Марьино по сравнению с тем же периодом 2014 года. Средние показатели содержания сероводорода и оксида серы в атмосфере существенно ниже нормативов предельно-допустимого воздействия. Данный результат во многом обусловлен успешным завершением первого этапа комплексной модернизации Московского НПЗ, что позволило резко улучшить экологические параметры предприятия. В частности, поступления в атмосферу сероводорода уменьшились в 70 раз, а диоксида серы — в 10 раз. Устаревшие открытые очистные сооружения предприятия были заменены на новые автоматические комплексы закрытого типа. Это позволило снизить воздействие на атмосферу при очистке на 97%, а сточные воды стали чище в шесть раз. Проведенная на предприятии модернизация позволила сократить воздействие на атмосферу битумного производственного комплекса на 90%. В настоящее время на территории предприятия и в окрестностях круглосуточно работает комплексная система мониторинга состояния воздуха, воды и геологической среды. Оснащена и аккредитована испытательная лаборатория Московского НПЗ, в зоне влияния завода функционируют два внешних поста контроля атмосферы. Два раза в сутки в пяти точках промышленной зоны и в шести точках санитарно-защитной зоны завода берутся пробы воздуха, в 95 точках - пробы воды, из 36 скважин — ежеквартальные пробы геологической среды. В комплексную систему экологического контроля интегрирована уникальная для российских нефтеперерабатывающих заводов автоматическая система мониторинга воздействия на атмосферный воздух (АСМВ). Данные информационно-аналитических приборов, смонтированных на основных источниках воздействия предприятия на атмосферу, поступают на автоматизированные посты контроля и в автоматическом режиме каждые 20 минут передаются в «Мосэкомониторинг». На сегодняшний день Московский НПЗ является единственным предприятием российской нефтепереработки, где действует подобная автоматизированная система.