По сравнению с конструкцией базовых самолётов семейства Ту-204/214 на самолёте Ту-204СМ проведены следующие основные изменения: - модернизированные ТРДД ПС-90А2 с пониженной стоимостью жизненного цикла и увеличенными межремонтным и назначенным ресурсами основных деталей и агрегатов (для холодной части — до 20000 циклов и для горячей части −10000 циклов); - новая ВСУ ТА-18-200 с увеличенной высотностью запуска и работы; внедряется новое оборудование, выполняющее функции в соответствии с современными и перспективными требованиями ИКАО и Евроконтроля; - модернизированное шасси, конструкция которого обеспечивает ресурс соответствующий ресурсу планера самолёта; - улучшается интерьер пассажирского салона; - разрабатывается и устанавливается система управления общесамолётным оборудованием (СУОСО) и система технического обслуживания и диагностики; - кабина экипажа, обеспечивающая управление самолётом 2-мя летчиками; - доработанные системы энергоснабжения, управления, топливная и гидравлическая система, новая система кондиционирования воздуха, вводится цифровая система СКВ и электроприводы в системе механизации крыла.