Троллейбус будет курсировать от пл. Калинина до аэропорта «Толмачёво». От ул. Станционной до конечного пункта своего маршрута и обратно троллейбус будет двигаться автономно.

Насколько мне известно, литиевые аккумуляторы любят когда их полностью заряжают, а потом полностью разряжают. В случае когда недоразряженный аккумулятор постоянно ставят заряжаться сильно снижается емкость батареи и она очень скоро становится негодной.

Не совсем так. Современные троллейбусы при разгоне потребляют ток, а при торможении - отдают энергию энерции в сеть (подробнее можете погуглить по термину IGBT). То есть выходят эдакие качели потребления, естественно с большим перекосом в сторону потребления. Пример машин - те же АКСМ-321 белорусского происхождения. Насчёт автономного хода - тоже все не слишком радужно. У лития есть ограничения по температурному циклу и количеству заряд-разрядов - эффект старения элемента. Применять батареи для автономного хода в случае аварии на тяговой подстанции или при обрыве контактной сети - это нормально. Аномально использовать батареи в качестве курсового фактора автономного хода - золотой маршрут получится, электричество в РФ и так не копейки стоит. А с учетом КПД преобразования, стоимости элементов... Плюс момент с автоматикой управления токоприёмниками. На новых машинах стоит автоснятие и дистанционная установка из кабины. Даже можно выставить уровень давления на линию и регулировать его магнитным (механическим) держателем каната. Но всё это дорого, несовершенно и весьма хрупко. И кстати, очередная попытка засунуть троллейбус в кузов от автобуса не делает чести производителю. Это в первую очередь проблемы с изоляцией и статикой в салоне, плюс проблемы с размещением оборудования (которое в итоге оказывается в салоне).