Основные задачи службы:

— проведение океанографических, гидрографических и морских геофизических работ в океанах и морях в интересах обороны страны;

— работы по созданию навигационных морских, геофизических и других специальных карт (в том числе электронных), руководств и пособий для плавания в Мировом океане;

— снабжение ВМФ морскими средствами навигации и океанографии;

— поддержанием технической готовности морских средств навигации на кораблях постоянной готовности;

— содержание и развитие системы навигационного оборудования на побережье и в морских водах, находящихся под юрисдикцией России (за исключением трасс Северного морского пути);

— руководство непосредственно подчиненными воинскими частями и организациями;

— участие России в деятельности Международной гидрографической организации и Международной ассоциации маячных служб, взаимодействие и сотрудничество с другими международными и региональными мореведческими организациями.