А там хитромудрая формулировка (статья 11, первый абзац):

Black Sea Powers shall have the right to send through the Straits, for the purpose of rejoining their base, submarines constructed or purchased outside the Black Sea, provided that adequate notice of the laying down or purchase of such submarines shallI have been given to Turkey.

Что означает:

Черноморские державы имеют право направлять через Проливы для присоединения к их базе подводные лодки, построенные или приобретенные за пределами Черного моря, при условии, что соответствующее уведомление об установке или покупке таких подводных лодок должно быть направлено в Турцию.

А «Краснодар» построена на Адмиралтейских верфях в Питере    

И в конвенции не сказано, что лодки должны идти ИЗВНЕ. Может она вышла для присоединения к базе в Тартусе