USB/RS-485 все же имеет несколько более ограниченные области применения, чем нормальный аппаратный COM порт. Задержки... По COM-порту можно например завести прерывания с какой-нибудь железки, и ОС реального времени сможет обеспечить очень хорошее время реакции на него. С USB все будет значительно хуже, и тогда уже лучше поставить специальную PCI или PCI-E плату. А для данных не очень сильно зависящих от времени есть еще много Ethernet решений. Только в этом случае все же хотелось бы видеть два интерфейса Ethernet, для резервирования. Но все же я не стал бы говорить, что одного порта мало. Все зависит от применения, а так же от того, что же все-таки это за контакты принятые за джамперы торчат     Там может быть что угодно, в т.ч. и разного рода последовательные интерфейсы и GPIO.